Le programme de l'option "Sciences" est celui des classes de Mathématiques M, P, T et TA. La scolarité à l'Ecole Spéciale Militaire est de 3 ans et est suivie d'une année en Ecole d'application. Les officiers élèves ayant préparé l'option "Sciences" peuvent s'orienter plus particulièrement vers les armes du Génie, de l'Artillerie, des Transmissions, du Matériel et vers l'Aviation Légère de l'Armée de Terre. Ils commencent par commander par exemple une section mobile de réparation du matériel ou un centre nodal de transmissions puis une batterie d'artillerie nucléaire ou une compagnie de guerre électronique. Plus tard, leurs connaissances scientifiques seront réactualisées afin de leur faire occuper les fonctions d'ingénieur dans des centres d'expérimentation ou des directions centrales.