Projet de fin d'étude : Caractérisation biochimique et effet des bactéries isolées du compost sur les nématodes à galles du genre Méloidogyne
Etudiant : TAOUI TARIK
Filière : Master Sciences Biologiques et Santé (SANBIOL)
Encadrant : Pr. HAMAMOUCH NOUREDDINE
Annèe : 2023
Résumé : La lutte contre les nématodes représente une priorité pour de nombreux cultivateurs, surtout des tomates. Plusieurs produits nématicide existent mais sont de natures chimiques. Ces produits sont souvent et nocifs et produisent des effets indésirables aux plantes et aussi à l’environnement. Notre projet rentre dans le cadre de recherche de nouvelles méthodes biologiques non-polluantes et moins couteuses pour lutter des nématodes à galles. Dans un premier temps, nous avons testé l’activité potentielle nématicide de bactéries préalablement identifiées au laboratoire d’accueil. Dans un 2ème temps, nous avons investigué le potentiel nématicide d’un compost préparé par nos soins. A partir de ce dernier, nous avons isolé plusieurs bactéries dont 15 d’entre elle ont été identifiées par génotypage moléculaire grâce au séquençage de l’ADN spécifiant l’ARNr 16S. L’analyse bio-informatique des séquences obtenues montre que nos souches appartiennent au genre Bacillus. Pour investiguer l’activité nématicide, nous avons préparé des filtrats acellulaires (surnageants de culture bactériennes) que nous avons ensuite incubé en présence de racines de tomates infestées par Meloidogyne. Nous avons ensuite quantifié le potentiel d’éclosion des œufs par nos deux souches identifiées du compost ; Bacillus clarus et Bacillus mojavensis. Nos résultats indiquent que le pourcentage d’inhibition d’éclosion des œufs avoisine 90% pour les 2 souches étudiées. Nous concluons que les deux filtrats exercent un effet nématicide direct sur les nématodes à galles du genre Meloidogyne et que cet effet est dose-dépendant car il varie en fonction de la dose du filtrat appliquée. Dans une autre partie de notre travail, nous avons testé les propriétés biochimiques de quatre souches isolées du compost. Nous avons testé quelques traits PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria) dont la solubilisation du phosphate, du zinc, et du potassium. Nous avons aussi étudié la fixation d’azote et la production de sidérophores. Nos résultats sont prometteurs et suggèrent que nos 2 souches candidates Bacillus clarus et Bacillus mojavensis, en plus de l’activité nématicide, possèdent des propriétés PGPR. En perspectives, nos résultats préliminaires méritent une confirmation en vue de les appliquer dans des tests in vivo sur pots ou dans les champs. Pour comprendre le mécanisme d’action de ces souches, il serait important d’analyser le contenu de leurs filtrats par des méthodes modernes pour en identifier la ou les molécules porteuses de l’activité nématicide