Etudiant : ES-SGAOURI MOHAMMED

Filière : Master d'excellence: Biotechnologie Alimentaire et Management de la Qualité (BAEMQ)

Encadrant : Pr. EL HASSOUNI MOHAMMED

Annèe : 2026

Résumé : Au Maroc, l'apiculture subit un déclin multifactoriel préoccupant des colonies d'abeilles (Apis mellifera). Alors que les virus à ARN sont largement documentés, les données sur le virus filamenteux de l’abeille (AmFV), un virus géant à ADN double brin potentiellement impliqué dans l'immunodépression des ruches, restent quasi inexistantes en Afrique du Nord. Cette étude a pour objectifs : (i) évaluer la prévalence de l’AmFV dans la région de Rabat-Salé-Kénitra (RSK), (ii) réaliser sa caractérisation moléculaire par amplification et séquençage du gène thymidylate synthase et (iii) modéliser ses déterminants éco- épidémiologiques à l'échelle globale. L'ADN de l’abeille et celui du virome ont été co-extraits par la méthode au CTAB à partir du thorax d'ouvrières issues de 51 colonies réparties sur 9 stations. Après contrôle qualité (FastQC), un diagnostic par PCR conventionnelle a ciblé le gène de la thymidylate synthase (AmFV_28). Trente et un amplicons ont été obtenus, dont 19 ont été caractérisés par séquençage et inférence phylogénétique (Neighbor-Joining). En parallèle, une méta-analyse combinant 39 cohortes mondiales a été déployée par méta-régression sous modèle à effets aléatoires. L'extraction a généré des rendements massifs en ADN (1 527,20 à 2 080,60 ng/µL ; rapports A260/A280 de 1,60 à 1,75). L'AmFV affiche une prévalence globale élevée de 64,7 %, confirmant son endémicité régionale, mais révèle une hétérogénéité spatiale extrême allant de 0 % à 100 % d'infection (χ² = 15,33 ; ddl = 8 ; p = 0,05). À l'échelle internationale, la prévalence poolée s'élève à 16,27 % (IC à 95 % : [10,07 % - 25,22 %] ; I² = 90,58 %), positionnant le Maroc comme un hotspot épidémiologique. La méta-régression valide mathématiquement l'altitude comme unique modérateur topographique critique (p = 0,0201), agissant comme proxy des stress microclimatiques. Sur le plan moléculaire, les isolats marocains affichent une forte plasticité mutationnelle et une topologie polyphylétique, s'intégrant au sein de clades proches de souches de Hongrie, de Suisse et de Colombie. Bien que l'AmFV soit principalement associé à des infections latentes, sa forte prévalence constitue un facteur de vulnérabilité face aux stress environnementaux et aux co-infections. Ce travail pose les bases d'une intégration de l'AmFV dans la surveillance sanitaire nationale et ouvre la voie au séquençage de génomes complets (NGS).